Konzipiert als einzigartiger außerschulischer Lernort, medienpädagogisches Projektzentrum und aktive Erweiterung des Museums soll die Bavariathek besonders Kinder und Jugendliche für Geschichte begeistern und auch sensibilisieren. Schüler werden dort zu Kuratoren, Reportern und Medienproduzenten, die eigene Filme, Podcasts und virtuelle Ausstellungen erstellen. Zahlreiche Pilotprojekte dokumentieren, was in und mit der Bavariathek in Verbindung von Museum, Geschichtswissenschaft und Medienwelt alles möglich ist.

In den Projekt- und Studioräumen der Bavariathek sollen Schulklassen und Studierendengruppen optimale Bedingungen für die Arbeit mit digitalen Werkzeugen vorfinden. Die „Digitale Werkbank“, eine in der bundesweiten Bildungslandschaft einzigartigen Software, soll neue Standards für digitales Teamwork setzen und den Blick der jungen Menschen schärfen für die Perspektivität alter und neuer Medien. Schließlich, so heißt es von den Initiatoren, sei alles eine Frage von Darstellung, Auslegung und Interpretation.

Der Besuch der Bavariathek ist im Rahmen von buchbaren 90-minütigen medienpädagogischen Programmen und von Projektkooperationen möglich. Auch mehrtägige Formate sollen den Schulen zur Verfügung stehen. So präsentiert das Kulturkabinett „Heimat im Kleinformat“ in einer Augmented-Reality-Medien-Station historische Postkarten, alte Schwarzweißaufnahmen, Luftbilder und anderes Bildmaterial zu allen bayerischen Gemeinden. Gelungene Ergebnisse sollen künftig dann auch für die breite Öffentlichkeit zugänglich sein.

In einem weiteren Format bereiten Schüler ein an die Themen der Dauerausstellung angelehntes historisches Ereignis des 19. und 20. Jahrhunderts auf und setzen es mit modernen medialen Möglichkeiten journalistisch um. Nach einer Recherche zum historischen Hintergrund sowie der Auswahl von geeignetem Quellenmaterial in der Dauerausstellung und in der Bavariathek planen sie die Aufbereitung des Ereignisses und die Umsetzung ihrer Ideen. Mögliche Formate sind Blogs, Videos, Liveticker, Twitter, Instagram oder Webjournal. Zudem können die jungen Gäste Podcasts zu Museumsobjekten erstellen und dafür ein eigenes, mit modernsten Möglichkeiten ausgestattetes Medienlabor nutzen.